生殖道病原體核酸檢測范文第1篇
一、工作目標
市內發生局部聚集性疫情時，在市應急指揮部統一領導下，X天內分類分層完成本鎮轄區內村民核酸應急采樣檢測，做到應檢盡檢，愿檢盡檢，全面徹底完成摸排，確保無遺漏、零死角。
二、工作原則
(一)以人為本，生命至上。
把人民群眾生命安全和身體健康放在第一位，把疫情防控作為頭等重要的大事，以高度的政治責任感和使命感，確保規定時間內完成工作任務，使人民群眾在疫情面前切實增強安全感。
（二）統一領導，各負其責。
鎮政府負責核酸篩查檢測總調度，各行政村要強化屬地責任，確保指令清晰有序暢達地執行。必要時提請市疫情指揮部援助。
（三）科學分類，分層實施。
重點人群(醫療衛生機構從業人員、公共領域服務人員、參與重點區域社區防控一線工作人員、學校學生及教職員工等)優先;擴大人群(常住居民)愿檢盡檢。
（四）合理選點，規范有序。
原則上按照大型空曠室外場地，遠離人群密集區，利于通風等要求選擇采樣點。每個采樣點應采取硬隔離封閉，設進出口各一個，配有臨時網絡和電源。內部應劃分等候區、登記區和采樣區，醫護人員的采樣位置處于上風向;各區均應落實1米線要求，防止人員集聚。
三、組織機構
鎮政府建立應急核酸檢測工作領導小組，負責采樣點位選擇設置、采樣點設施配備、檢測對象的排查、宣傳動員、通知催檢及檢測結果告知。下設組織動員、現場采樣、后勤保障組，具體如下：
1.工作領導小組
組
長：
副組長：
成
員：
2.
組織動員組
組
長：
副組長：
成
員：
聯絡員：
負責統籌開展底數摸查，收集核實個人身份信息，建立統一完整的工作臺賬，做到數據準、底數清、情況明。負責通知人員到采樣檢測點接受采樣，通知方式以上門敲門通知為主，電話、手機短信、網格排查等方式為輔，確保“應檢盡檢”不遺漏，全部通知到位。
3.現場采樣組
組
長：
成
員：
負責采樣人員安排、現場采樣、采樣耗材準備等。
4.后勤保障組
組
長：
副組長：
成
員：
第一組：現場消毒組
組長：
組員：
工作職責：采樣結束后的環境消毒等;醫療垃圾運走前消毒。
第二組：后勤保障組
組長：
組員：
負責采樣點設施設備購置配備、安裝更新;負責制作采樣點各類標識、工作流程圖、工作制度，做到醒目統一;負責協調供水、供電、防暑防寒;負責工作人員食宿生活保障;負責檢測試劑、防護物資購置配備;負責醫療廢棄物處置;負責安排專人駐扎采樣點，做到后勤保障隨要隨到，提前最快到位，防范卡、慢、推、拖。
四、現場采樣
1.秩序維護組
負責與動員組做好對接，負責接收檢測對象;維持檢測等候區秩序;協助引導員做好人員分組;安排檢測對象分組等候，避免人員扎堆;在現場設置警戒線，防止車輛、無關人員進入工作區域。
2.人員引導組
負責將檢測對象按1人、5人或10人一組進行分組，并引導到登記區;落實社交距離。負責引導已登記對象到采樣區采樣;安排非XX戶籍對象掃碼登錄信息系統錄入個人信息;落實1米線要求。
3.現場采樣組
由信息登記員、采樣員和采樣協助員等組成，負責監測對象的登記、采樣等工作。其中：信息登記員負責確定采樣對象組號，完成檢測對象補充信息調查(手機、現住址等)，并錄入信息系統;打印檢驗條碼;采樣員負責咽拭子采集;按規做好樣品儲存;與樣品轉運員做好樣品交接工作;采樣協助員負責準備好采樣工具、為采樣管編號、協助采樣員采集樣品，必要時對可能被污染的物品進行消毒。
3.樣品轉運組
負責定時收集各采集點位已采集樣品，按規定轉運至指定檢測點(集中轉運點);做好樣品轉運箱的流轉;不得利用公共交通轉運樣品，確保專車轉運。
4.后勤保障組
負責采樣點設施設備購置配備、安裝更新;負責制作采樣點各類標識、工作流程圖、工作制度，做到醒目統一;負責協調供水、供電、防暑防寒;負責工作人員食宿生活保障;負責檢測試劑、防護物資購置配備;負責醫療廢棄物處置;負責安排專人駐扎采樣點，做到后勤保障隨要隨到，提前最快到位，防范卡、慢、推、拖。
生殖道病原體核酸檢測范文第2篇
1 材料與方法
1.1 材料
1.1.1 標本來源
濮陽市轄區內手足口病患者標本。咽拭子、皰疹液標本用專用采樣拭子采集后放入含3~5ml保存液的采樣管中, 在靠近頂端處折斷拭子桿, 旋緊采樣管管蓋;糞便標本放入專用采便管內;血液標本采集全血2ml。所采標本4℃暫存并立即 (12h內) 由各縣 (區) 疾控中心或定點醫院派專人運送至濮陽市疾病預防控制中心PCR實驗室。
1.1.2 儀器
PCR儀為BIO-Rad i Cycler, 自動凝膠成像儀為BIO-Rad Gel Doc XR。
1.1.3 引物
腸道病毒通用引物、EV71引物、CA16引物為河南省疾控中心提供。見表1。
1.2 方法
1.2.1 核酸提取
用TianGEN公司產品, Cat.No:DP315-R試劑盒提取RNA。
1.2.2 反應體系
用TianGEN公司產品, 反應體系總體積為50μl:DEPC H2O 24.1μl, 10×RT-PCR buffer 5.0μl, dNTPs (10mMeach) 2.0μl, 15×RT-PCR enhancer 10μl, Rnasin (40U/μl) 0.5μl, Hotmaster Taq (2.5U/μl) 2.5μl, Quant RTase 0.5μl, 上游引物 (25μM) ) 1.2μl, 下游引物 (25μM) ) 1.2μl, 模板RNA 3μl。
1.2.3 擴增程序
50℃40 min;94℃5 min;94℃30 s, 50℃40 s, 65℃50 s, 35個循環;6 5℃10 min (總時間約為170min) 。
1.2.4 結果判斷
PCR產物行2%瓊脂糖電泳, 用自動凝膠成像儀觀察PCR產物電泳結果, 與Marke相比較出現相應長度的擴增產物即為該基因檢測陽性。陽性擴增產物:EV71S-EV71A引物:226 bp;CA16S-CA16A引物:208 bp;PE2-PE1引物 (腸道病毒通用引物) :116 bp。陰性結果為未出現相應長度的擴增產物 (特異條帶) , 或不在上述位置出現非特異性條帶。
1.2.5 結果解釋
按手足口病實驗室檢測方案 (試行) 進行解釋[1]。
2 結果
2.1 不同標本腸道病毒核酸RT-PCR實驗室檢測結果
306例病例共采集357份標本 (部分標本RT-PCR結果見圖1) , 腸道病毒核酸陽性153份 (見表2) , 陽性率為42.9%。糞便36份, PE單獨陽性12份, EV71陽性8份, CA16陽性1份, 總陽性率為58.3% (21/36) ;咽拭子268份, PE單獨陽性70份, EV71陽性39份, CA16未檢出, 總陽性率為40.7% (109/268) , 血清23份, PE單獨陽性1份, EV71和CA16均未檢出, 總陽性率為4.35% (1/23) , 皰疹液30份, PE單獨陽性11份, EV71陽性11份, CA16未檢出, 總陽性率為73.3% (22/30) 。
注:PE陽性為116 bp, EV71陽性為226 bp, CA16陽性為208 bp。1~15為部分患者標本, +為省CDC質控陽性標本 (CA16未下發) , -為陰性對照。
2.2 不同性別和年齡實驗室結果
在306例手足口病患者中男202例, 女104例, 男女性別比為1.94:1。男性患者陽率為44% (89/202) , 女性患者陽性率為41% (43/104) 。EV71陽性率男性為15% (30/202) , 女性為13% (14/104) , PE陽性率男性為:29% (59/202) , 女性為27% (28/104) 性別之間無顯著性差異 (P>0.05) , (見圖2) 。年齡分布:最小2個月最大的為12歲, 1歲以下8例, 1~2歲83例, 2~3歲86例, 3~4歲59例, 4~5歲32例, 5~6歲18例, 6~7歲11例, 7歲以上9例。最大的一例為12歲。病例以6歲以下為主, 占97.06% (297/306) 。各年齡組 (7~9歲除外) 腸道病毒核酸均有檢出。見表3。
2.3 不同縣 (區) 實驗室結果
306例病例五縣二區均有分布呈高度散發。EV71和PE均有檢出, 濮陽城區 (華龍區) 陽性率為25%明顯低于其它縣 (區) 44.19% (114/258) 。見表4。
2.4 不同時間實驗室結果
306例病例, 2008年45例, 集中在5~7月份, 檢出EV71腸道病毒核酸12例, 陽性率為26.7%, CA16和其它腸道病毒核酸均未檢出。2009年261例, 全年 (除1、7、12月份外) 均有病例, 3~5月份和8~11月份各有一個高峰。見表5。
3 討論
HFMD由人腸道病毒感染引起。包括柯薩奇病毒 (Coxasckie virus) A組16、4、5、7、9、10型, B組2、5、13型;?？刹《?(ECHO viruses) 和腸道病毒71型 (EV71) 。最常見的為CA16和EV71。世界大部分地區均有此病流行的報道。1957年在新西蘭首次報告, 1958年分離出柯薩奇病毒, 1959年提出手足口病命名, 1972年腸道病毒71型 (EV71) 在美國被首次確認。此后EV71感染與CoxA16感染交替出現, 成為手足口病的主要病原體[1]。2008年3月, 安徽阜陽等地相繼發生了HFMD疫情, 在較短時間內即出現22例死亡病例, 嚴重威脅著兒童的身體健康, 經檢測病原為腸道病毒71型[3]。通過對濮陽市轄區手足口病患者的咽拭子、皰疹液、糞便和血清樣本進行手足口病特異性核酸檢測, 357份標本共檢出153份腸道病毒核酸陽性, 陽性率為42.9%。EV71病毒核酸陽性58份, 陽性率為16.25%, CA16病毒核酸陽性1份, 陽性率為0.28%。PE單獨陽性 (非EV71、CA16的其它腸道病毒) 94份, 陽性率為61.4%。說明濮陽地區2008~2009年手足口病流行除腸道病毒EV71、CA16外, 還有其它腸道病毒。
腸道病毒EV71病毒感染人體后于呼吸道和腸道進行增殖, 然后侵犯皮膚等其它組織?；颊叩暮粑婪置谖?、糞便、皰疹液中都有病毒排出。由于病毒在同一患者的不同部位分布不均, 采集標本時應按《指南》[1]要求采集患者的咽拭子、糞便、皰疹液、血液, 如出現神經系統癥狀的病例, 還要采集腦脊液標本, 保證不漏檢。通過檢測發現皰疹液陽性率最高為73.3%, 糞便陽性率為58.3%, 咽拭子陽性率為40.7%, 血清陽性率最低為4.35%。咽拭子與糞便陽性率無差異。在采樣中我們了解到, 皰疹大多不典型, 皰疹液量少, 采集時還要挑破皮膚, 患者本人及家長多不接受。由于患者年齡小, 最小的患者僅兩個月, 糞便標本采集有局限性, 患者無便或不配合。咽拭子標本易接受易采集, 咽拭子標本相對于糞便和皰疹液標本在病毒分離及RCR檢測陽性檢出率方面沒有差異[4], 建議在其它標本難以采集時, 采集患者的咽拭子, 采集方法簡單易掌握, 并且能達到早采樣早診斷早治療的目的。
通過手足口病特異性核酸檢測表明, 濮陽市手足口病例各年齡組 (7~9歲除外) 腸道病毒核酸均有檢出, 以6歲以下為主, 占97.06% (297/306) , 說明6歲以下學齡前兒童是手足口病防治的重點。306例病例在濮陽市五縣二區均有分布, 地區檢測情況顯示城鄉有差別, 呈高度散發相對集中。濮陽城區 (華龍區) 發病率明顯低于各縣。說明農村發病率較高, 應引起高度重視。要加強散居兒童、幼托機構的管理, 加大宣傳力度, 預防控制手足病。
2008年只有45例, 且集中在5~7月份, 檢出EV71腸道病毒核酸12例, CA16和其它腸道病毒核酸沒有檢出, 陽性率為26.67%。2009年有261例, 107例陽性, 陽性率為41.00%, EV71為29例陽性, 陽性率為11.11%, CA16檢出1例, PE單獨陽性77例, 陽性率為29.50%。3~5月份和8~11月份各有一個高峰。說明2009年手足口病流行規模大持續時間長, 與2008年相比EV71外其它腸道病毒 (非EV71、CA16) 引起手足口病感染的概率在增加, 所以要加大監測檢測力度, 為控制手足口病疫情提供科學依據。
摘要：目的 對2008～2009年濮陽市轄區內手足口病住院患者進行病原體核酸檢測。方法 用RT-PCR法對306例手足口病住院患者的咽拭子、皰疹液和血清樣本進行腸道病毒、EV71、CoxA16核酸檢測。結果 EV71病毒核酸陽性率為16.25%, CA16病毒核酸陽性率為0.28%。PE單獨 (非EV71、CA16的其它腸道病毒) 陽性率為61.4%。皰疹液陽性率最高為73.3%, 糞便陽性率為58.3%, 咽拭子陽性率為40.7%, 血清陽性率最低為4.35%, 咽拭子與糞便陽性率無差異。病例以6歲以下為主, 占97.06%。2008年有45例, EV71腸道病毒核酸陽性率為26.67%。2009年有261例, EV71陽性率為11.11%, CA16檢出1例, PE單獨陽性率為29.50%。結論 2009年與2008年相比EV71外其它腸道病毒引起手足口病感染的概率在增加。咽拭子標本采集方法簡單易掌握, 能達到早采樣早診斷早治療的目的, 要加大對6歲以下兒童的監測檢測力度, 為控制手足口病疫情提供科學依據。
關鍵詞：手足口病,腸道病毒,EV71,CA16
參考文獻
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[2]手足口病診療指南。 (2008年版) 。[EB]http://www.chinacdc.net.cn/n272442/n272530/n273736/n273781/n3409757/n3852570/29906.html.
[3]趙順英, 李興旺, 江載芳。關注小兒重癥腸道病毒71型感染[J]。中華兒科雜志, 2008, 6:401-403。
生殖道病原體核酸檢測范文第3篇
關鍵詞：泌尿生殖道,沙眼衣原體,分析
近年來,生殖器感染和性病發生呈現上升趨勢。其中Chlamydia Trachornatis(CT)是一種性病傳播主要病原體。有研究表明CT的感染率已經查過淋球菌成為性傳播疾病發病率最高的疾病,其危害性較高。一旦發生CT感染,不僅可能造成非淋菌性尿道炎,男性患者還可能導致附睪炎和前列腺炎等疾病;女性患者可誘發子宮內膜炎和宮頸炎及盆腔炎等婦科疾病。會對患者子宮內膜生態環境造成較大影響,導致出現男女不育不孕癥。CT的流行性和高危性已經收到了國內外廣大專家學者的普遍關注,相關研究工作也越來越多。該研究選擇2010年5月—2012年5月,該院收治的1 039例患者進行泌尿生殖道沙眼衣原體患者檢測并進行分析,以期深入了解CT感染情況及特點,更好地控制和預防CT感染的發生?，F將相關結果報道如下。
1 資料與方法
1.1 一般資料
該組患者共1039例,為該院2011年5月—2012年5月該院皮膚科、性病科、婦科及不孕不育門診收治的患者。其中男性患者240例,女性患者799例,患者年齡為18～65歲,患者平均年齡為(33.1±8.7)歲。男性患者取尿道標本,把拭子插入患者尿道2～3 cm內,輕微轉動取樣;女性患者在對宮頸口分泌物和白帶進行清潔后,將拭子插入患者宮頸口2～3 cm,進行旋轉取樣。
1.2 檢測方法
對所有患者均采用英國UNIPATH公司clear view沙眼衣原體抗原檢測試劑盒進行檢測,嚴格依照說明書進行操作,對患者沙眼衣原體抗原進行檢測。
1.3 統計方法
采用SPSS 11.5統計學軟件對數據進行相應處理,以陽性率表示結果。
2 結果
1 039例患者中,沙眼衣原體陽性524例,陽性率50.43%,科室分布陽性率為性病科62.59%;皮膚科30.48%;婦科49.61%,不孕不育門診63.18%。30歲以下病例308例,陽性數為158例,陽性率51.29%,30～40歲病例580例,陽性數332例,陽性率57.24%。40～50歲病例120例,陽性數29例,陽性率24.16%,50歲以上病例31例,陽性數5例,陽性率16.12%。40歲以上CT感染率隨著患者年齡的增加呈下降趨勢。
3 討論
近年來,NGU的發病率呈現逐年增長趨勢,根據世界衛生組織報告,每年全球新大約有9 200萬例新發生的泌尿生殖道沙眼衣原體感染,通常CT感染無顯著臨床特征,患者無顯著特征,很多患者均無自覺癥,容易被忽視。
從該組研究中,可以發現40歲以上泌尿生殖道沙眼衣原體感染的陽性率,隨著年齡的增加有著較為明顯的下降趨勢,這可以說明泌尿生殖道沙眼衣原體陽性率與患者年齡具有較密切的關聯,從發病率情況看,泌尿生殖道沙眼衣原體感染40歲以下陽性率最高,這種結果可能與的該年齡段人群處于壯年期,其性欲比較強,性生活的頻率較高,部分患者的性伴侶較多,同時伴有不潔性生活。因此,全面加強對此類人群的健康教育顯得尤為重要,通過多種方式積極倡導健康、安全、衛生的性交方式,預防泌尿生殖道沙眼衣原體感染。該調查中發現,泌尿生殖道沙眼衣原體感染和性別關系不明顯,其差異不具有統計意義。從泌尿生殖道沙眼衣原體感染科室分布來看,性病科、不孕不育門診的沙眼衣原體陽性率較高,陽性率分別達到62.59%、63.18%。婦科陽性率為49.61%,與該次研究平均陽性率50.43%的結果比較接近。皮膚科沙眼衣原體陽性率最低,僅為30.48%。從這種情況可以進一步說明,沙眼衣原體是導致性病和不孕不育的一種最為多見的病原體。
在治療方面,沙眼衣原體通常采取利福平、氯霉素、強力霉素、四環素以及磺胺類等藥物進行,并且通常需要依據患者藥敏性進行抗生素選擇。該次研究中,采取了利福平、阿奇霉素以及強力霉素治療,療效較為明顯,轉陰率較高。阿奇霉素是一種大環內酯類藥物,通過與核糖體50S亞基結合,能夠達到阻礙細菌轉肽過程的效果,起到抑制蛋白質合成的作用,對于沙眼衣原體具有較強的治療效果。利福平作為半合成類的一種抗生素,能夠有效抑制病原體DNA轉錄為RNA。強力霉素是一種四環素類抗生素,是通過與核蛋白體的30S亞單位進行結合,起到阻止氨?；?tRNA結合的作用。40歲以下的青壯年為泌尿生殖道沙眼衣原體感染多發人群,如不及時治療可引起患者不孕不育。應加強重點人群檢測,做好沙眼衣原體感染的預防工作。
在實際醫療工作中,應高度重視CT感染者和高危人群。對于高危人群如果醫療條件允許,應進行全面的病原體檢查,防止出現NGU漏診現象,全面阻斷CT傳播,進一步加大醫療衛生宣傳力度,提高對性病的認識將有利于減少CT感染的發生。
參考文獻
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[6]張德,王克俊,齊子芳.熒光定量PCR檢測NG、CT和UU三種性病混合感染的分析[J].中國民康醫學,2008,20(18):2097,2140.
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生殖道病原體核酸檢測范文第4篇
1 資料和方法
1.1 一般資料
本組患者共2 138例, 為我院2009年1月—2010年12月性病門診、皮膚科、婦科和不孕不育門診診斷的患者。其中男558例, 女1 580例, 年齡18~66歲, 平均 (34.2±8.9) 歲。
(1) 標本采集:男性取尿道標本, 將一支拭子插入尿道內2~3 cm, 稍轉動取樣;女性取宮頸標本, 先用棉拭子擦去宮頸口的分泌物和白帶, 然后將拭子插入宮頸口2 cm左右旋轉取樣。 (2) 檢測方法:沙眼衣原體檢測采用英國OXOID公司生產的Clear View試劑盒, 嚴格按說明書操作?；蚍中筒捎肞CR和限制性片段長度多態性分析 (PCR-RFLP) 方法。 (3) 觀察項目:觀察并統計沙眼衣原體的陽性率、不同科室分布、年齡和性別分布、基因分型、治療及轉陰率等。
1.2 統計學方法
采用SPSS 11.5統計學軟件包進行數據處理, 結果以率表示, 采用χ2檢驗, P<0.05表示差異有統計學意義。
2 結果
(1) 一般結果:2 138例檢測發現, 沙眼衣原體陽性1125例, 陽性率為52.6%。 (2) 科室分布:性病門診、皮膚科、婦科和不孕不育門診沙眼衣原體陽性率分別為65.2%、36.4%、53.1%和61.4%, 差異有統計學意義 (χ2=4.281, P<0.05) , 見表1。 (3) 年齡分布:≤30歲、31~40歲、41~50歲和51~66歲各年齡段陽性率分別為55.0%、59.2%、38.9%和19.5%, ≤40歲和>40歲人群陽性率比較差異有統計學意義 (57.3%、33.7%;χ2=4.825, P<0.05) , 見表2。 (4) 性別分布:男558例, 陽性288, 陽性率為51.6%;女1 580例, 陽性288, 陽性率為53.0%, 差異無統計學意義 (χ2=0.533P>0.05) 。 (5) 基因類型分布:1 125例陽性患者中875例進行基因分型鑒定, 共鑒定出8種基因分型, D型127份 (14.5%) , E型248份 (28.3%) , F型155份 (17.7%) , G型75份 (8.6%) , H型43份 (4.9%) , I型65份 (7.4%) , J型40份 (4.6%) , K型59份 (6.7%) , 63份 (7.2%) 基因型未確定。 (6) 治療及轉陰率:采用阿奇霉素、利福平和強力霉素治療, 轉陰801例, 轉陰率為71.2%。
3 討論
沙眼衣原體的血清分型共19個類型, 其中A、B和C型主要引起沙眼, L型主要引起性病性淋巴肉芽腫, 引起泌尿生殖道感染的主要為D~K型[1]。本文采用PCR-RFLP進行基因分型的鑒定, 其基本原理是用PCR擴增目標物DNA, 然后用特異性內切酶將擴增產物消化切割成大小不同的片段, 進行電泳分辨[2]。本文875例基因分型鑒定的沙眼衣原體, 除63份基因型未確定以外, 其余均明確分型, 主要為D~K8個類型, 證實了D~K分型是引起泌尿生殖道感染的主要類型, 8種類型以E、F和D型為主, 分別占28.3%、17.7%和14.5%。
通過對各個年齡段患者的陽性結果進行分析, 筆者發現沙眼衣原體陽性率隨著年齡的增加呈現下降趨勢, 表明沙眼衣原體陽性率與患者年齡密切相關, 尤其以40歲以下的青壯年沙眼衣原體陽性率最高, 遠遠高于40歲以上人群, 這可能與該人群正直壯年、性欲旺盛、性生活頻繁、多個性伴侶和不潔性生活有關。因此, 有必要對此類高危人群加強健康知識教育, 倡導健康、安全、衛生的性生活, 有效防止沙眼衣原體感染。本調查結果顯示, 沙眼衣原體陽性率與性別的關系不是很明顯, 盡管女性陽性率稍高于男性, 但差異并不具有統計學意義, 劉素琴等[3]對性病門診1999—2004年引起泌尿生殖道感染的微生物進行檢測發現, 只有2002年和2004年沙眼衣原體陽性率男性高于女性, 筆者推測造成差異的原因可能與選取的樣本有關。從科室分布來看, 沙眼衣原體陽性率較高的科室為性病和不孕不育, 陽性率分別為65.2%和61.4%, 婦科陽性率基本維持在平均水平, 而皮膚科陽性率較低, 僅為36.4%。這一現象表明, 沙眼衣原體是引起性病和導致不孕不育的常見病原體。
沙眼衣原體的治療一般用利福平、四環素、氯霉素、強力霉素和磺胺類等藥物, 并且要根據藥敏選擇敏感抗生素。筆者采用阿奇霉素、利福平和強力霉素治療, 轉陰率達到了71.2%。阿奇霉素屬于大環內酯類藥物, 主要通過結合細胞中的核糖體50S亞基, 阻礙細菌轉肽過程, 從而抑制蛋白質合成發揮抑菌作用, 其對沙眼衣原體的療效顯著[4]。利福平是一種半合成類抗生素, 可以抑制病原體DNA的轉錄合成RNA。強力霉素屬四環素類抗生素, 主要通過與核蛋白體的30S亞單位結合, 進而阻止氨?；?tRNA與其的結合。
綜上所述, 筆者認為泌尿生殖道沙眼衣原體感染主要多發于40歲以下的青壯年, 可導致性病, 并引起不孕不育。應加強沙眼衣原體感染的防治工作, 做好個人衛生工作, 加強重點人群監測。
參考文獻
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生殖道病原體核酸檢測范文第5篇
1 材料和方法
1.1 試驗材料
1.1.1 試驗材料
疑似高致病性豬藍耳病感染發病豬2頭, 經典藍耳病病毒MLV株弱毒疫苗 (柏林英格產品) , 高致病性豬藍耳病病毒NVDC-JX-A1株滅活疫苗 (揚州優邦產品) , 豬瘟脾淋弱毒疫苗 (成都中牧實業產品) 。
1.1.2 酶、引物、菌株和其它主要試劑
AMV RTnase、PCR試劑購自上海生物工程技術有限公司, TaKaRa RNAiso Reagent、pMD-18T載體購自大連寶生物工程有限公司, 100 bp DNA Ladder購自華美生物工程公司, 膠回收試劑盒購自LLPromeger公司, Ecoli DH-5α本室制備保存。上下游引物Nsp2-1: 5’–CGATGATGGCTTGAGCTGAGTAT–3;Nsp2-2: 5’-CCTCCGTGGTGCAACAAAAGTTG–3’。對經典藍耳病病毒預擴增片段長度1 154 bp, 對高致病性豬藍耳病病毒預擴增片段長度為1 064 bp。
1.2 RT-PCR方法的建立
取病豬肺和淋巴結組織, 研磨成勻漿后加適量生理鹽水, 反復凍融3次, 離心后取上清, 用RNAiso Reagent提取總RNA樣本, 紫外分光光度計測定核酸含量后, 42 ℃反轉錄1 h得cDNA, 以cDNA為模板, 進行PCR擴增。反應體系: cDNA模板5 μg, 10×PCR Buffer 5 μl, MgCl2 (25 mol/L) 3 μl, dNTP (10 mmol/L) 1 μl, Taq DNA聚合酶 (2.5 u/μl) 1 μl, Nsp2-1、Nsp2-2 (20 μmol/l) 各1 μl, 滅菌雙蒸水補足50 μl。反應條件:94 ℃ 3 min, 再94 ℃ 45 s, 56 ℃ 30 s, 72 ℃ 45 s, 34個循環后, 72 ℃ 10 min。反應結束, 取5 μl作1.2%瓊脂糖凝膠電泳, 溴化乙錠染色, 凝膠成像系統檢測擴增結果。同時設經典藍耳病病毒MLV株弱毒疫苗毒株和高致病性豬藍耳病病毒NVDC-JX-A1株滅活疫苗陽性對照, 豬瘟疫苗毒RNA對照和空白對照, 疫苗毒株RNA提取和RT-PCR擴增方法同病料。
1.3 RT-PCR擴增特異性的驗證
1.3.1 目的基因片段的克隆測序
擴增產物電泳染色后, 紫外線照射顯示目的DNA條帶, 從瓊脂糖中回收目的DNA片段, 過夜連接至pMD-18T后, 轉化至氯化鈣致敏的DH-5α感受態細胞, 在含AMP (氨芐青霉素) 、涂布X-Gal和IPTG的LB瓊脂平板上培養進行抗性篩選及藍白斑篩選, 37 ℃培養24 h后, 挑取白色單個菌落進行菌落PCR鑒定, 菌落PCR鑒定陽性后, 將該菌落接種含AMP的液體培養基中, 37 ℃過夜振蕩培養。從LB培養菌液中提取質粒DNA, 進行PCR擴增鑒定和限制性內切酶EcoRⅠ/PstⅠ雙酶切鑒定。陽性菌液送大連寶生物公司測序。
1.3.2 序列分析
序列測回后, 參考經典豬藍耳病毒株CH-1a株 (Genebank 登錄號:AY032626 ) 和MLV株 (Genebank 登錄號:AF066183) 、高致病性豬藍耳病病毒JX-A1株 (Genebank 登錄號:EF112445) 和HUN4株 (Genebank 登錄號:EF635006) Nsp2基因相應序列, 利用DNAStar、DNAMEN等生物學軟件對測回序列進行序列比對、同源性分析, 進一步驗證RT-PCR擴增的特異性。
2 試驗結果
2.1 目的片段RT-PCR擴增結果
從病料提取的總RNA樣本經RT-PCR擴增后, 電泳染色后凝膠成像系統成像觀察, 結果見圖1。
1、2: 疑似病例; M: 100 bp Marker; P1:JX-A1對照; P2:MLV對照; S: 豬瘟對照; N: 陰性對照
從圖1可見, 經典藍耳病和高致病性豬藍耳病病毒都能夠擴增出特異性條帶。經典毒株CH-1a弱毒疫苗擴增后, 得到的DNA條帶大小介于1 100 bp～1 200 bp之間, 與預期擴增大小 (1 154 bp) 相符。高致病性毒株NVDC-JX-A1株滅活疫苗擴增后, 所得DNA片段大小介于1 000 bp～1 100 bp之間, 與預期擴增片段大小 (1 064 bp) 相符。疑似感染豬病料RNA樣本擴增得到的片段介于1 000 bp～1 100 bp之間, 大小與高致病性毒株JX-A1株擴增片段相同, 明顯低于CH-1a弱毒疫苗擴增片段。豬瘟疫苗RNA樣本和空白對照擴增后, 沒有得到任何DNA條帶。
2.2 目的基因片段克隆測序
目的基因片段從凝膠中回收連接到pMD-18T轉化DH-5α, 經AMP抗性篩選和IPTG誘導, X-gal顯色, 觀察到藍白色菌落生長。白色單個菌落進行PCR鑒定, 擴增得到了目的片段。PCR陽性菌落培養后提取的質粒DNA經PCR擴增后, 也得到了與預期大小相符的目的片段 (見圖1) 。質粒DNA經EcoRⅠ/PstⅠ消化, 得到兩條DNA條帶, 大小與理論片段大小相符。菌落PCR、重組質粒PCR和重組質粒雙酶切鑒定的結果說明目的DNA片段已經成功得到克隆?；蛐蛄杏纱筮B寶生物技術有限公司測出, 目的片段大小為1 064 bp。
2.3 序列分析
2.3.1 序列比對結果
測出的序列與作為參考的藍耳病經典毒株CH-1a相應序列經MEGA3.1生物學軟件進行比對發現, 疑似病豬病料的RNA樣本經RT-PCR擴增出的Nsp2基因序列1 450～1 452 bp和1 063～1 689 bp兩處基因共缺失90個堿基, 這一缺失特征與高致病性豬藍耳病病毒NVDC-JX-A1株、HUN4株完全相同, 說明檢測到的毒株為高致病性豬藍耳病病毒, 檢測的病豬為高致病性豬藍耳病病毒感染。
2.3.2 檢測毒株與參考毒株遺傳距離分析
基于藍耳病病毒Nsp2基因序列, 通過MEGA軟件對檢測毒株和參考毒株進行遺傳距離分析;同時利用DNAMEN軟件對檢測毒株和參考毒株進行同源性分析, 結果見表1。
注:下方代表遺傳距離;上方代表同源性。
從表1可見, 檢測樣本毒株序列與高致病性豬藍耳病毒株JX-A1株、HUN4株遺傳距離較近 (0.013～0.010) , 同源性較高 (98.7%～99.0%) , 而與經典豬藍耳病毒株CH-1a、MLV株距離較遠 (0.278～0.096) , 同源性較低 (77.9%～91.2%) , 這也說明從疑似病豬中檢測到的豬藍耳病病毒為高致病性毒株。
3 討論
Nsp2基因90 bp缺失是高致病性豬藍耳病病毒與經典藍耳病病毒在分子水平最顯著的區別之一。本試驗在選擇合成引物時, 利用高致病性豬藍耳病病毒的Nsp2基因缺失特征, 使上下游引物的擴增片段包括缺失區域, 以此建立方法能夠同時檢測高致病性豬藍耳病和經典藍耳病病毒感染。疑似樣本經RT-PCR檢測后, 通過瓊脂糖凝膠電泳顯示擴增產物片段大小, 由于高致病性豬藍耳病病毒Nsp2基因發生90 bp缺失, 所以其擴增產物片段為1 064 bp, 明顯低于經典藍耳病病毒1 154 bp的擴增片段。根據擴增產物片段大小, 即能快速判斷感染毒株是否為高致病性豬藍耳病病毒。
RNA病毒的RT-PCR檢測方法在獸醫臨床診斷中已經廣泛應用, 是一種快速可靠的診斷方法。為了驗證RT-PCR特異性, 試驗對擴增產物進行了克隆測序和序列分析, 結果表明本實驗采用的RT-PCR方法是特異的, 能夠用于高致病性藍耳病病毒核酸的檢測, 同時能夠用于經典藍耳病毒株和高致病性毒株感染的鑒別診斷。
藍耳病主要引起母豬繁殖障礙和仔豬呼吸道癥狀, 臨床特征與豬瘟及許多呼吸道疾病相似, 單獨依靠流行病學資料和剖檢病變觀察很難作出準確的判斷, 容易造成誤診。RT-PCR方法直接檢測病毒核酸, 是一種快速而且較為可靠的診斷方法, 但是由于藍耳病病毒具有持續隱性感染特征, 有時即使檢測到病原核酸, 也要結合流行病學和臨床癥狀等資料才能判斷感染豬是否發生高致病性豬藍耳病。
摘要：針對高致病性豬藍耳病病毒 (PRRSV) Nsp2基因缺失變異特征, 設計特異性引物, 建立RT-PCR方法, 對疑似高致病性豬藍耳病病例進行病原核酸檢測, 并對擴增所得片段進行克隆測序, 通過序列分析以驗證RT-PCR擴增的特異性。結果表明:發病豬為高致病性豬藍耳病病毒感染, 建立的RT-PCR方法能夠鑒別診斷經典豬藍耳病和高致病性豬藍耳病感染。
關鍵詞：高致病性豬藍耳病,NSP2基因,RT-PCR,診斷
參考文獻
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生殖道病原體核酸檢測范文第6篇
1 材料與方法
1.1 材料
1.1.1 標本來源2006年8月至2007年8月本中心不孕不育門診疑為泌尿生殖道感染標本519例。年齡為22~45歲。
1.1.2 試劑支原體培養藥敏檢測試劑盒由珠海麗珠試劑公司提供。
1.2 方法
l.2.1標本采集先清洗尿道口, 將特制男性無菌棉拭子仰入男性尿道1~2cm, 停留數秒, 旋轉獲得。將取樣后的棉拭子均放入1.0 m L生理鹽水中漂洗片刻, 并將棉拭子在壁上擠干。
1.2.2 支原體培養及藥敏試驗一般取材后2 h內接種, 將標本接種于培養瓶中, 36℃培養24~48h。
24h和48h分別觀察, 培養基由黃變紅色者用珠海麗珠支原體試劑盒進行檢測, 并作藥敏試驗。
2 結果
培養法對963例標本的支原體培養檢測, 共檢出感染患者519例, 陽性率為53.8%, 其中Uu感染者425例, 陽性率為44.1% (其中Mh合并感染者38例, 占3.9%) 。同時檢出單一Mh感染者94例, 占9.8%。
培養法對519例標本的支原體檢測分類結果:檢出Uu陽性387例, 陽性率為74.5% (其中Mh合并感染者38例, 占7.3%) 。同時檢出單一Mh感染者94例, 占18.2%。培養出的519例支原體陽性的藥敏結果顯示, 四環素、羅紅霉素、強力霉素對U u的敏感性較高, 耐藥率僅為10%左右?；旌闲椭гw (Uu和Mh) 的耐藥率高于單一支原體的耐藥率。
3 討論
Uu和Mh是泌尿生殖道中主要的支原體, 均為非淋菌性尿道炎的重要病原體之一, 通過實驗看到, 支原體感染在不育患者中所占的比例較高。生殖道感染可導致精液的各項參數 (射精量、精子密度、活動率、活動力、精子總數、活動精子總數等) 的改變, 它能引起不育已被許多研究人員通過實驗而證實[1]。本實驗也反映支原體在不育男性中的感染率達53.8%。對支原體的治療可提高不育者的生育能力。藥敏試驗結果表明, Uu最敏感的藥物依次為四環素、羅紅霉素、強力霉素, 敏感率均在80%左右, 最耐藥的藥物為諾氟沙星、氧氟沙星。Mh最敏感的藥物為四環素、強力霉素、左氧氟沙星, 其敏感率均在75%以上, 最耐藥的藥物為諾氟沙星、氧氟沙星。Uu、Mh混合感染最敏感的藥物為四環素、阿齊霉素, 最耐藥的藥物為氧氟沙星、諾氟沙星。值得說明的是由于近年來對四環素的應用控制, 四環素類藥物對支原體仍保持有很好的敏感性。
本研究同時表明, 在培養出519例支原體陽性的藥敏結果顯示, 四環素、羅紅霉素、強力霉素對Uu的敏感性較高, 耐藥率僅為10%以下, 這與其他醫院報道結果并不完全一致。其原因主要是:各地區的支原體感染率存在不同, 所使用的支原體培養試劑盒不同, 結果判讀方法因所采用的試劑盒不同也存在不同。需要注意的是, 支原體對抗菌藥物的敏感性及耐藥性在不斷變化中, 這可能與地區用藥習慣差別、或患者自行用藥有關[2]。本地區臨床工作者可將羅紅霉素、強力霉素、阿奇霉素作為Uu感染的首選藥物。Mh的培養結果顯示強力霉素、左氧氟沙星的耐藥率最低, 應作為本地Mh的首選藥物。而Uu合并Mh的混合感染則對多種抗生素均明顯耐藥, 可能是出于這2種支原體的耐藥譜不同。因此對此類患者可采取2種或多種抗生素聯合用藥, 可提高臨床的治療效果。但是對于感染Uu、Mh的男性不育患者, 應首選強力霉素, 因為強力霉素對生精、精子各項參數的影響相對于其他藥物要小的多, 首選強力霉素有利于提高精子質量。另外, 建議在臨床上治療支原體感染的NGU時, 應首先對患者進行支原體檢測和藥敏試驗。以便為治療提供可靠依據, 并須足量用藥, 減少耐藥菌株, 以提高臨床治療療效。
摘要：目的了解南陽地區男性不育患者泌尿生殖道支原體的感染狀況, 指導臨床藥物治療。方法采用支原體培養藥敏試劑盒進行解脲支原體 (Uu) 和人型支原休 (Mh) 培養及藥敏試驗。結果963例不育患者的標本中支原體感染數為519例, 陽性率為53.8%, 其中培養法共檢出Uu387例, Mh94例, Uu合并Mh38例。并對519例支原體感染標本進行藥敏試驗, 結果顯示單一Uu感染四環素、羅紅霉素、強力霉索的敏感率較高, 分別為84.3%、81.7%、79.6%。單一Mh感染者, 四環素、強力霉素、左氧氟沙星的敏感率較高, 分別為83.7%、81.5%、76.3%。而Uu合并Mh感染者對多種抗生素均有較高的耐藥性。結論南陽地區男性不育患者泌尿生殖道支原體感染在不育者中所占的比例較高。培養法聯合藥敏試驗對支原體的診療有實際意義。本地區男性不育患者單一支原體感染的, 一線藥物可首選強力霉素, 而混合感染應多藥聯合。
關鍵詞：男性不育患者,泌尿生殖道支原體,感染
參考文獻
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